Povrchové vody z malej západnej časti územia odvádza rieka Biely Váh a Belá do Čierneho mora. Vodu z  prevažnej časti územia odvádzajú rieky Dunajec a Poprad, ktoré sa spájajú pri Novom Sonči v Poľsku a ďalej pokračujú ako Dunajec do Visly, ktorá sa vlieva do Baltského mora. Najväčšími prítokmi Dunajca, ktorý má u nás rozlohu povodia 1469 km2 , sú v území Rieka, Lipnický a Lesnický potok. Priemerné mesačné prietoky Dunajca značne kolíšu. Najväčší prietok dosahoval Dunajec v júni - 46,2 m3/s, najmenší vo februári 16,0 m3/s. Prietok v súčasnosti ovplyvňuje vodná nádrž Czorsztyn – Niedzica, ktorá bola vybudovaná v Poľsku v bezprostrednej blízkosti  štátnej hranice. V povodi Dunajca  sa nachádzajú aj významné stojaté vody – jazerá. Medzi najznámejšie patrí Veľké a Malé osturnianske jazero, Jazero a Jezerské jazero. Okrem nich sa tu nachádzajú aj umelo vybudované vodné nádrže. Geologické podmienky podmienili aj vznik veľkého množstva prameňov, z ktorých niektoré sa využívajú ako zdroje pitnej vody.

Kvalita vody v rieke Dunajec sa sleduje v jednom mieste odberu – Červený Kláštor v km 8,80. Kvalita vody sa v posledných piatich rokoch výrazne nemenila. V A – skupine ukazovateľov je kvalita vody v II. triede čistoty, v B – skupine ukazovateľov v IV. triede čistoty, v C – skupine ukazovateľov v II. – IV. triede čistoty a v E – skupine ukazovateľov v III. – IV. triede čistoty. Mierne zlepšenie nastalo v roku 1998 v C – skupine ukazovateľov z III. na II. triedu čistoty poklesom koncentrácie fenolov a v E – skupine ukazovateľov zo IV. na III. triedu čistoty znížením množstva koliformných baktérií. Naďalej však pretrváva IV. trieda čistoty v dôsledku reakcie vody v B – skupine ukazovateľov a III. trieda čistoty v E – skupine ukazovateľov v dôsledku množstva koliformných baktérií. Toto zaťaženie toku je spôsobené hlavne nedostatočným čistením odpadových vôd z komunálnej sféry na poľskej, ale aj slovenskej strane.

Povodie Popradu má rozlohu 1954 km2 a zbiera všetky vodné toky z južných svahov Spišskej Magury a z prevažnej časti záujmového územia Vysokých a Belianskych Tatier s výnimkou Javorinky a Bialky, ktoré sa vlievajú do rieky Dunajec v Poľsku. Kvalita vody v toku Poprad sa v uplynulých piatich rokoch výrazne nemenila a ani nezlepšila. Zlepšenie nastalo v posledných rokoch v A – skupine ukazovateľov zo IV. triedy na III. triedu čistoty. V mieste odboru Veľká Lomnica nastalo zlepšenie z V. triedy na III. triedu čistoty v B – skupine ukazovateľov poklesom koncentrácie NL. Najhoršia kvalita vody je spôsobená množstvom koliformných baktérií, v IV. triede čistoty sú ukazovatele N-NH4, fenoly a ťažké kovy – Hg a Zn.

Rieka Váh má v A – skupine ukazovateľov kvalitu vody v II. triede čistoty, v B – skupine ukazovateľov v II. triede čistoty, v C – skupine ukazovateľov v III, v D skupine II triede čistoty a v E – skupine ukazovateľov v IV. triede čistoty.

Rieka Belá má v A – skupine ukazovateľov kvalitu vody v II. triede čistoty, v B – skupine ukazovateľov v III. triede čistoty, v C – skupine ukazovateľov v II, v D skupine II triede čistoty a v E – skupine ukazovateľov v III. triede čistoty.

Vo Vysokých Tatrách sa nachádza viac ako 80 plies. Všetky sú ľadovcového pôvodu. Pre tatranské plesá je charakteristický okrúhly tvar. Väčšina plies nemá viditeľný povrchový prítok, sú napájané zrážkovou vodou ktorá presakuje do plies cez rozsiahle sutiny. Pretože atmosférické zrážky v tatranskej oblasti prevyšujú výpar v plesách sa nahromadila voda ktorá zväčša odteká povrchovými tokmi. Najväčšie a najhlbšie pleso na slovenskom území Vysokých Tatier je Veľké Hincovo pleso (plocha 20,08 ha, hĺbka 53,7 m). Môžeme ho obdivovať v závere Mengusovskej doliny. Najväčšie pleso celých Vysokých Tatier je Morské oko na poľskom území (34,9 ha, 51 m). Najvyššie položené stále pleso je Modré pleso (2192m). Nájdeme ho učupené pod sprístupneným sedlom Sedielko, pri prechode z Malej Studenej do Javorovej doliny.

Minerálne pramene sa nachádzajú jednotlivo v celej popradskej kotline na podhorí Tatier a Spišskej Magury, pričom prechádzajú do Zamaguria medzi potokmi Jordanec a Šoltýsa. Výdatnosť týchto prameňov je veľmi malá do 5 l/sec. s teplotou pod 15 0C. Najznámejšie z nich, na ktoré sa v minulosti viazali aj kúpele, sú pramene v Spišskej Belej a v Červenom Kláštore. Jediným prírodným zdrojom liečivých stolových vôd v území je Smokovecká kyselka.

Vodárenskými tokmi v území sú: Javorinka, Lipník, Poprad, Ľadový potok, Veľký Šum,  Mlynica, Slavkovský potok, Studený potok, Kežmarská Biela voda, Zelený potok, Lomnický potok, Osturnianka. Vodohospodársky významnými vodnými tokmi v území sú: Biela voda, Rybí potok, Javorinka, Suchý potok, Osturniansky potok, Dunajec, Starovinský potok, Faltinovský potok, Rieka, Jordanec, Havka, Lipník, Ľadový potok, Poprad, Veľký Šum, Mlynica, Velický potok, Slavkovský potok, Studený potok, Zelený potok, Kežmarská Biela voda, Čierna voda, Lomnický potok, Rieka.