Prevažná časť územia patrí do mierne chladnej vlhkej oblasti s priemernou ročnou teplotou okolo 4 °C a s priemernými teplotami v  júli medzi 12 ⁰C až 16 ⁰C. Malá časť územia Zamaguria a Pienin okolo rieky Dunajec patrí do mierne teplej oblasti s dolinovým a kotlinovým charakterom, s chladnou až studenou zimou. Priemerná teplota v tejto časti územia je v januári menej ako -3 ⁰C a júlová teplota je viac ako 16 ⁰C. Priemerná ročná teplota je 6 ⁰C. Tieto územia majú dostatok vlahy, čo znamená, že prevažujú zrážky nad výparom. Z celkového úhrnu zrážok, ktoré spadnú v tomto území, sa približne 50 % vyparí a zvyšok odtečie.

V Belianskych a Vysokých Tatrách vo výške od 1250 m n.m. začína územie s chladnou horskou klímou s priemernou ročnou teplotou 2 ⁰C a priemernou júlovou teplotou od 10 ⁰C do 12 ⁰C, ktorá sa vo výške cca 2000 m n. m. mení na studenú horskú klímu s priemernou júlovou teplotou pod 12 ⁰C a priemernou ročnou teplotou 0 ⁰C. Zrážky padajú v priemere 140 až 180 dní v roku. Najmenej zrážok spadne v okolí rieky Dunajec okolo 750 mm, na hrebeni Spišskej Magury  spadne okolo 1000 mm. Vo vrcholových polohách Tatier spadne až 2000 mm zrážok.
V obývanom území sa pohybuje počet letných dní od 5 dní v obciach pod hrebeňom Spišskej Magury po 36 v okolí rieky Dunajec. Počet mrazivých dní je od 143 do 160 dní cez zimné obdobie. Vykurovacie obdobie sa pohybuje od 280 do 320 dní.