V území sa nachádzajú prevažne tieto lesné spoločenstvá:
- jelšové lesy na nivách podhorských a horských
vodných tokov sa nachádzajú v alúviach všetkých väčších vodných tokov v území, - podhorské bukové lesy sa vyskytujú v doline obce Lesnica,
- bukové lesy na vápencových a dolomitových podložiach sa prirodzene vyskytujú v oblasti Pienin a Belianskych Tatier,
- bukové a jedľovo-bukové lesy sa vyskytujú v Pieninách kde sa v nich nachádza prirodzene aj vzácny tis a v nižších polohách Spišskej Magury avšak už bez tisa,
- bukové lesy v horských polohách sa vyskytujú vo vyšších polohách Spišskej Magury,
- jedľové a jedľovo-smrekové lesy sa vyskytujú v hrebeňových polohách Spišskej Magury a na podhorí Vysokých a Belianskych Tatier, pričom sa v nich vyskytuje mozaika smrekových zamokrených lesov, vrchovísk a prechodných rašelinísk, smrekové lesy čučoriedkové sa vyskytujú prirodzene v Belianskych a Vysokých Tatrách pod pásmom kosodreviny v nadmorských výškach cca od 900 m n.m.,
- subalpínske kosodrevinové spoločenstvá sa nachádzajú vo Vysokých a Belianskych Tatrách pričom sa vyskytujú s prímesou borovice limby,
- alpínske travinné spoločenstvá na silikátoch, sa vyskytujú nad hornou hranicou lesa vo Vysokých Tatrách a alpínske travinné spoločenstvá na vápencoch a dolomitoch sa vyskytujú nad hornou hranicou lesa v Belianskych Tatrách.
Podľa spôsobu hospodárskeho využitia a zabezpečovania iných mimoprodukčných funkcii lesa člením lesné spoločenstvá v území na:
lesy hospodárske, ktoré sa v území nachádzajú najmä v Spišskej Magure a ich prvoradou funkciou je produkcia drevnej hmoty,
lesy ochranné sa nachádzajú najmä na plytkých, exponovaných a nepriaznivých stanovištiach Pienin, Belianskych a Vysokých Tatier, ale aj v hrebeňových partiách Spišskej Magury a ich prvoradou funkciou je ochranná funkcia pôdy,
lesy osobitného určenia sa nachádzajú len v Pieninách a Tatrách a ich prvoradou úlohou je zabezpečovať mimoprodukčné funkcie lesa - kúpeľnú, vodoochrannú, liečebnú, kultúrnu, ochrannú a pod.
