Zamagurie

Celý región sa nachádza čiastočne na území Pieninského národného parku a čiastočne na území jeho ochranného pásma. Územie Pienin bolo vyhlásené za národný park Nariadením Predsedníctva Slovenskej rady č. 5 zo 16 januára 1967, ale už v roku 1932 prielomová dolina Dunajca s priľahlými lesmi bola vyhlásená  za Slovenskú prírodnú rezerváciu v Pieninách, ktorá spolu s poľským Pieninským národným parkom bola súčasťou prvého Medzinárodného parku v Európe.

Tatranský región

Región sa rozprestiera z malej časti vo voľnej krajine, ale väčšia časť regiónu sa nachádza na území Tatranského národného parku alebo v jeho ochrannom pásme. Tatranský národný park bol vyhlásený zákonom SNR č. 11/1948 Zb. o Tatranskom národnom parku zo dňa 18. decembra 1948 s účinnosťou od 1. januára 1949. Nariadením vlády SSR č. 12/1987 Zb. zo dňa 6. februára 1987 boli za súčasť TANAP-u vyhlásené Západné Tatry. Dňa 1. marca 2003 nadobudlo účinnosť Nariadenie vlády SR č. 58/2003 zo dňa 5. februára 2003, ktorým sa vyhlasuje Tatranský národný park na základe ktorého boli spresnené hranice národného parku a jeho ochranného pásma.

Z hľadiska územného systému ekologickej stability môžeme územie MAS Tatry – Pieniny charakterizovať ako čiastočne vyvážené s prevahou ekologicky hodnotných prvkov v oblasti Vysokých Tatier a Pienin. Pre údolné časti územia je typický deficit stabilnejších štruktúr s výnimkou aluviálnych spoločenstiev s prevládajúcou funkciou biokoridorov. Hlavným nástrojom na zvýšenie efektívnosti existujúcich štruktúr územného systému ekologickej stability je preto ekologická i krajinno-estetická revitalizácia poľnohospodárskeho pôdneho fondu.