Vo všeobecnosti možno povedať, že v území občianskeho združenia Tatry – Pieniny LAG, podľa geologického podložia a využitia prevládajú:
- Na vápencovom podloží Pienin a Belianskych Tatier rendziny a kambizeme rendzinové.
- Vo flyšovom území Spišskej Magury kambizeme prevažne kyslé až výrazne kyslé.
- v alúviu rieky Poprad a jej prítoku Biela, a v alúviu rieky Dunajec sa vyskytujú fluvizeme kultizemné.
Pôdy sú v území s vápencovým podkladom slabo alkalické v ostatnom území stredne až silne kyslé.
V území sa nachádzajú najmä tieto pôdy:
- Ílovito-hlinité v území Pienin a na rázsochovitých chrbtoch Spišskej Magury medzi Jordaneckým a Šoltýskym potokom, a na hraničnom hrebeni Malinovej hory a Hardina,
- Piesčito-hlinité pôdy sa vyskytujú vo zvyšnom území Spišskej Magury a Belianskych Tatier, pričom vo vyšších hrebeňových polohách sú silno kamenité,
- Hlinito-piesčité pôdy sa vyskytujú v alúviu rieky Dunajec, potoka Ždiaranky, Javorinky, Bialky. Tieto pôdy sú taktiež silno kamenité.
Retenčná schopnosť pôd vo vápencových územiach je malá až stredná, ostatné územie má retenčnú schopnosť strednú až veľkú. Pôdy v území majú prevažne nízky obsah humusu, len v alúviách a kotlinách územia okolo Spišskej Starej Vsi a Spišskej Belej majú stredný obsah humusu.