Najväčšími prítokmi Dunajca, ktorý má u nás rozlohu povodia 1469 km2 , sú v území potoky Rieka, Lipnický a Lesnický potok. Priemerné mesačné prietoky Dunajca značne kolíšu. Najväčší prietok dosahoval Dunajec v júni – 46,2 m3/s, najmenší vo februári 16,0 m3/s. Prietok v súčasnosti ovplyvňuje vodná nádrž Czorsztyn – Niedzica, ktorá bola vybudovaná v Poľsku v bezprostrednej blízkosti štátnej hranice. V povodi Dunajca sa nachádzajú aj významné stojaté vody – jazerá. Medzi najznámejšie patrí Veľké a Malé osturnianske jazero, Jazero a Jezerské jazero. Okrem nich sa tu nachádzajú aj umelo vybudované vodné nádrže. Geologické podmienky podmienili aj vznik veľkého množstva prameňov, z ktorých niektoré sa využívajú ako zdroje pitnej vody.

Povodie Popradu má rozlohu 1954 km2 a zbiera všetky vodné toky z južných svahov Spišskej Magury a z časti záujmového územia Belianskych Tatier s výnimkou potokov Javorinky a Bialky, ktoré sa vlievajú do rieky Dunajec v Poľsku. Najvýznamnejšími prítokmi Popradu v území o.z. Tatry – Pieniny LAG sú potoky: Čierna voda, Belský potok, Biela a Holumnický potok, Kvalita vody v toku Poprad sa v uplynulých piatich rokoch výrazne nemenila a ani nezlepšila.

Minerálne pramene sa nachádzajú jednotlivo v celej popradskej kotline na podhorí Tatier a Spišskej Magury, pričom prechádzajú do Zamaguria medzi potokmi Jordanec a Šoltýsa. Výdatnosť týchto prameňov je veľmi malá do 5 l/sec. s teplotou pod 15 0C. Najznámejšie z nich, na ktoré sa v minulosti viazali aj kúpele, sú pramene v Spišskej Belej a v Červenom Kláštore. V súčasnosti sú funkčné kúpele Smerdžonka v Červenom Kláštore s priznaným štatútom liečivých kúpeľov.